3 lutego 1830 Filaret (Gumilewski) został wyświęcony na hierodiakona, zaś 29 czerwca – na hieromnicha.
Jeszcze w czasie studiów duchowny został zatrudniony w Moskiewskiej Akademii Duchownej jako bibliotekarz, a po uzyskaniu końcowego dyplomu wyznaczony na cenzora uczelni i wykładowcę historii Cerkwi prawosławnej. Formalnie został zaliczony w poczet mnichów Monasteru Dońskiego. W 1832 został przeniesiony do katedry Pisma Świętego, zaś po roku został wykładowcą teologii dogmatycznej i moralnej. W 1833 objął stanowisko inspektora Moskiewskiej Akademii Duchownej i zgodnie ze zwyczajem został równocześnie mianowany przełożonym monasteru Objawienia Pańskiego w Moskwie. Po dwóch latach awansował na rektora Akademii, otrzymując równocześnie godność archimandryty. W tym samym roku przeprowadził kontrolę wewnętrzną w seminariach duchownych przy Pustelni Wifańskiej, w Wołogdzie, Jarosławiu, Kostromie i Tambowie.