Zmarł w Konotopie w czasie epidemii cholery, gdy wiedząc o rozprzestrzeniającej się chorobie udał się w objazd eparchii, pragnąc duchowo wspierać wiernych. Jego ciało zostało przewiezione z Konotopu do Czernihowa w asyście tłumów wiernych (łącznie na różnych odcinkach drogi przy trumnie duchownego zgromadziło się do 12 tys. osób).
Działalność literacka i naukowa Filaret (Gumilewski) jest autorem jednej z pierwszych naukowych syntez historii Rosyjskiego Kościoła PrawosławnegoPieriodizacija istorii RPC, „Prawosławnaja Encikłopiedija”, t. RPC, Moskwa 2000, s.26–27, zatytułowej Istorija Russkoj Cerkwi w piati pieriodach. Biskup opracował także podręcznik teologii dogmatycznej Prawosławnoje dogmaticzeskoje bogosłowije, żywoty świętych Dymitra Rostowskiego, Cyryla i Metodego, Mitrofana z Woroneża, Sergiusza z Radoneża, świętych południowosłowiańskich, opisy statystyczne eparchii czernihowskiej i charkowskiej. Wydał ponadto zbiory swoich homilii.