Z powodu wybuchu drugiej wojny światowej rozpoczęto odbudowę sił morskich, głównie przystosowując cywilne statki do walki z okrętami podwodnymi państw Osi. W 1942 roku SANS przemianowano na South African Naval Forces (SANF). Udział w działaniach wojennych z racji braku odpowiednich jednostek był bardzo ograniczony, dlatego na czas wojny większość okrętów wypożyczono od Royal Navy, wśród nich fregaty typu River i typu . Jedna z nich – HMSAS "Natal" – dwa tygodnie po wejściu do służby w marcu 1945 zatopiła w zatoce Firth of Forth U-Boota U-714HMSAS NATAL (K 430) – Loch-class Frigate.
Po wojnie siły morskie ponownie włączono w skład sił obronnych Związku Południowej Afryki, głównymi okrętami w tym czasie były trzy małe fregaty do zadań ZOP typu Loch, które po roku służby w RN zmieniły nazwy i bandery w 1945 rokuAndré Wessels 2010 (s. 112). W 1947 dodano kolejne używane jednostki z RN: dwa trałowce typu Algerine i korwetę typu Flower przebudowaną na okręt hydrograficzny HMSAS Protea. W 1950 flotę wzmocniły dwa niszczyciele typu W, a w 1951 nazwę zmieniono na obecną South African Navy (SAN).