fitzroyensis.
Wcześniejsze badania Keeney'a i innych z 2006 roku dotyczące mitochondrialnego DNA ujawniły dwie odrębne linie rozwojowe w obrębie tego gatunku: jedną obejmującą osobniki zamieszkujące zachodni Atlantyk, drugą obejmującą populacje wschodniego Atlantyku i Indopacyfiku. Z danych tych wynika, że populacja indopacyficzna pochodzi od osobników zamieszkujących wschodni Atlantyk, podczas gdy populacja zachodnioatlantyczna została odizolowana od reszty przez rozszerzający się Atlantyk oraz powstanie Przesmyku Panamskiego. Żarłacze czarnopłetwe z tych dwóch regionów różnią się pod względem morfologii, ubarwienia oraz szczegółów cyklu życiowego. Analiza mitochondrialnego locus NADH-2 przeprowadzona w 2012 u 98 osobników C. limbatus potwierdza to założenie. Ponadto uznaje, że różnice powstałe na skutek izolacji obu populacji są wystarczająco wyraźne do wyodrębnienia dwóch gatunków: C. limbatus zamieszkującego obszar zachodniego Atlantyku oraz C. cf. limbatus występującego w wodach wschodniego Atlantyku oraz Indopacyfiku. Co więcej – wyniki te wskazują na bliższe pokrewieństwo C. limbatus z C. tilstoni oraz C. amblyrhynchoides niż C. cf. limbatus. Naylor i inni zasugerowali wskrzeszenie jednego z synonimów żarłacza czarnopłetwego – C. pleurotaenia (Bleeker, 1852) – w przypadku potwierdzenia ważności taksonu C. cf. limbatus.