W 1925 roku Bucharska LRR została włączona w skład Uzbeckiej SRR. Xoʻjayev został przewodniczącym rady komisarzy ludowych, a następnie przewodniczącym centralnego komitetu wykonawczego tej republiki.
Reprezentował umiarkowane skrzydło rewolucji bolszewickiej i najpierw opowiadał się za utrzymaniem autonomii bucharskiej republiki, a potem snuł plany stworzenia państwa turkiestańskiego. Krytykował politykę gospodarczą Józefa Stalina. Wszystkie funkcje utracił 17 czerwca 1937 roku. Został aresztowany i po sfingowanym procesie (III proces moskiewski) stracony pod zarzutami trockizmu. W 1966 roku został zrehabilitowany.
Bibliografia Арапов А.В., «МЫ НЕ ВОЙДЕМ В ИСТОРИЮ…!?» /к политической биография Файзуллы Ходжаева (1896–1938)/ , www.alexarapov.narod.ru [dostęp 2012-09-10] https://dic.academic.ru/dic.nsf/bse/147592/%D0%A5%D0%BE%D0%B4%D0%B6%D0%B0%D0%B5%D0%B2 (ros.)
Kategoria:Odznaczeni Orderem Czerwonego Sztandaru Kategoria:Odznaczeni Orderem Lenina Kategoria:Ofiary wielkiej czystki Kategoria:Uzbeccy komuniści Kategoria:Uzbeccy politycy Kategoria:Urodzeni w 1896 Kategoria:Zmarli w 1938 Kategoria:Ludzie urodzeni w Bucharze