W grudniu 2007 roku podpisał dziesięcioletni kontrakt wart 275 milionów dolarów (najwyższy w historii zawodowego baseballu).
4 sierpnia 2011 roku w meczu z Toronto Blue Jays stał się siódmym baseballistą w historii ligi, który zdobył 600. home runa w karierze, a niespełna dwa lata później 12 czerwca 2012, zdobył 23. grand slama w karierze i zrównał się w tej klasyfikacji z Lou Gehrigiem.
W związku ze skandalem dopingowym groziła mu dożywotnia dyskwalifikacja. Ostatecznie został zawieszony do końca sezonu 2014, jednak jego adwokat David Cornwell złożył apelację od decyzji władz MLB. Do momentu jej rozpatrzenia Rodriguez mógł brać udział w meczach Yankees. 26 sierpnia 2013 w meczu przeciwko Toronto Blue Jays na Rogers Centre zdobył 650. home runa w karierze po piłce narzuconej przez R.A. Dickeya. 20 września 2013 w spotkaniu z San Francisco Giants na Yankee Stadium zdobył 24. grand slama w karierze i wyprzedził w klasyfikacji wszech czasów Lou Gehriga.
11 stycznia 2014 został zawieszony na 162 mecze obejmujące cały sezon zasadniczy i ewentualne mecze w postseason, po czym zapowiedział odwołanie od tej decyzji do sądu federalnego. Ostatecznie wycofał pozew i zaakceptował karę nałożoną przez zarząd ligi.