Podczas manipulowania zawartością dokumentu problem stanowił brak jego ustandaryzowanego modelu. W czwartym pokoleniu przeglądarek dostęp do niektórych elementów dokumentu w Netscape możliwy był przy użyciu kolekcji document.layers, za to w Internet Explorerze – document.all. Organizacja W3C opracowała jednak jednolity obiektowy model obsługiwany przez wszystkie współczesne przeglądarki (w tym Operę od wersji 6, Konquerora od wersji 3 oraz Safari). Tablice all i layers zostały uznane za przestarzałe i wsparcie dla nich zostało praktycznie wycofane.
Osadzanie W języku HTML za umieszczanie skryptów JS odpowiedzialny jest element <script> z opcjonalnymi argumentami type o wartości text/javascript (typ MIME) i language o wartości javascript. Atrybuty były używane gdy inne języki skryptowe były używane. Od HTML5 nie są potrzebne, choć typ MIME może być podany.<script type="text/javascript" language="JavaScript 1.5" > alert(12 > 6); </script>