Bodenheimer był także niemieckim patriotą. Cesarz Wilhelm II zwrócił się do niego w 1902 roku z propozycją utworzenia Federacji Wschodnioeuropejskiej (Polska, Litwa i inne). W owym czasie niemiecka polityka wschodnia starała się oderwać te ziemie spod panowania Rosji, dzięki czemu zmniejszyłoby się rosyjskie zagrożenie dla wschodnich granic Niemiec. Bodenheimer stał się zwolennikiem tej koncepcji, i starał się przekonać niemiecki rząd, że Żydzi w sposób naturalny są spowinowaceni z Niemcami, gdyż Żydzi aszkenazyjscy posługiwali się językiem jidysz. Do pewnego stopnia było to prawdą.

Po śmierci Theodora Herzla w 1904 roku, pozycja Bodenheimer w ruchu syjonistycznym zaczęła maleć. W 1912 roku po raz drugi odwiedził Palestynę. Gdy w 1914 roku wybuchła I wojna światowa, Bodenheimer przeniósł centralę Żydowskiego Funduszu Narodowego do Hagi (Holandia była państwem neutralnym w wojnie). W listopadzie 1914 roku zrezygnował ze stanowiska prezesa zarządu dyrektorów Żydowskiego Funduszu Narodowego. W tym samym roku był jednym z założycieli niemieckiego Komitetu Uwolnienia rosyjskich Żydów (niem. Komitee zur Befreiung der Juden russischen). Starał się działać na rzecz poprawy sytuacji ludności żydowskiej na wschodnich terenach okupowanych przez wojska niemieckie. Po wojnie, w 1926 roku odwiedził Brytyjski Mandat Palestyny.