Oficjalna inauguracja jego prezydentury miała miejsce w Mogadiszu 16 września 2012. Cztery dni wcześniej przed hotelem, w którym przebywał nowo wybrany prezydent dokonano samobójczego zamachu bombowego. Prezydent Mohamud za główne swoje priorytety uznał działanie na rzecz stabilizacji i bezpieczeństwa kraju oraz walki z terroryzmem i piractwem.
Jego czteroletnia kadencja kończyła się jesienią 2016 i prezydent postanowił ubiegać się o kolejną. Początkowo wybory prezydenckie miały odbyć się w listopadzie 2016, jednak zostały przełożone o kilka miesięcy. Odbyły się po wyborach parlamentarnych z października i listopada 2016, w których 14 tysięcy wyborców należących do starszyzny plemiennej wybierało 275 członków Izby Niższej i 52 członków Izby Wyższej Federalnego Parlamentu Somalii, którzy z kolei byli uprawnieni do wyboru prezydenta.
Wybory, w których uczestniczyło 21 kandydatów, odbyły się 8 lutego 2017 w budynkach portu lotniczego w Mogadiszu chronionych przez międzynarodowe wojska Unii Afrykańskiej z powodu zagrożenia ze strony bojowników Asz-Szabab. W pierwszej turze głosowania prezydent Mohamud zdobył najwięcej głosów parlamentarzystów (88 głosów), jednakże nie zdołał uzyskać wymaganej większości.