Trzech pozostałych członków powróciło w 2000 roku z minialbumem zatytułowanym Chapter One: Testing The Waters.
Grupa wydała swój trzeci album pod koniec roku 2000, pt. Plain Rap. Album został letnio przyjęty przez krytyków oraz odbiorców.
Krótko po wydaniu płyty, Slimkid3, odszedł z grupy w celu rozpoczęcia kariery solowej. Wydał swój pierwszy album, Liberation jako Tre Hardson.
W klipie do utworu „Trust”, Fatlip został sportretowany jako ciągle atakowany, smutny klaun (co może być interpretowane jako pogarda za jego odejście z grupy), a Slimkid3 zamienia się w feniksa, który odlatuje tuż po zakończeniu swojej zwrotki (co może być interpretowane jako akceptacja jego odejścia). Na początku utworu można usłyszeć wołania członków grupy, którzy pytają „Where you at?”. Jest to nawiązanie do Fatlipa, z którym członkowie nie mają kontaktu.
Lata 2001–2004: Humboldt Beginnings W 2002 The Pharcyde wraz z grupą Souls of Mischief utworzyli supergrupę Almyghty Myghty Pythons, jako która wydali nakładem Hiero Imperium minialbum, zatytułowany AMP.
W 2004 dwóch pozostałych członków, Bootie Brown oraz Imani, wydali album, pt. Humboldt Beginnings. Album zdobył jeszcze mniejsze zainteresowanie od ich poprzedniego.