Świątynia Główny sobór monastyrski został wzniesiony na miejscu drewnianej cerkwi św. Mikołaja w latach 1669–1672. Oprócz ołtarza głównego umieszczono w nim dwa boczne – Ścięcia Głowy św. Jana Chrzciciela i św. Dymitra Sołuńskiego. We wnętrzu obiektu znalazł się trzyrzędowy ikonostas powstały w miejscowej pracowni.
Przekształcenie Żeński klasztor funkcjonował w Mohylewie przez 82 lata, następnie z powodu małej liczby żeńskich powołań został przekształcony we wspólnotę męską na mocy postanowienia biskupa białoruskiego Sylwestra. Ostatnie mniszki przeniesiono do monastyrów w Szkłowie i w Barkołabowie. W 1754 został zlikwidowany z powodu zbyt małej liczby mnichów decyzją biskupa białoruskiego Hieronima. Główny sobór monastyru funkcjonował nadal jako cerkiew parafialna. Świątynia została zamknięta w 1934, a jej wyposażenie – zniszczone lub wywiezione.
Czasy stalinowskie W okresie stalinowskiego terroru sobór św. Mikołaja został zmieniony w tymczasowe więzienie. Szczątki ofiar więzienia zostały odnalezione w latach 90. XX wieku i pochowane na terenie klasztoru, gdzie wzniesiono też kaplicę pamiątkowąВ Могилевском монастыре нашли останки жертв сталинских репрессий.