Jego rodzicami byli Zbigniew Szuber (1918–1996, pilot-instruktor)Zbigniew Szuber pochodził z rodu wywodzącego się z potomków niemieckich osadników w Haczowie w XV wieku (zob. Wiersz pt. Haczów; cyt. Haczów, skąd moje schöne deutsche Name. Jego osoba została przedstawiona w powieści Pawła Huelle pt. Mercedes-Benz. ) i Ewa z domu Lewicka (ur. 1921, zm. 1991). Dwaj starsi bracia Janusza Szubera zmarli w dzieciństwie: Andrzej Antoni (zm. 1943 mając trzy tygodnie) i Jacek Andrzej (ur. 1946, zm. 1947 mając 9 miesięcy)Wiersz Janusza Szubera pt. 60. . Ponadto jego ciotką była Maria Szuber (1913–2006, siostra Zbigniewa Szubera, działaczka sanockiego oddziału PTTK i przewodniczka turystyczna), wujami byli Stefan Jarosz i Mieczysław JaroszUtwór Janusza Szubera pt. 69/17, zob. , zaś dalekim krewnym Szuberów był pisarz Jan Zachariasiewicz.
Janusz Szuber urodził się 10 grudnia 1947 w Sanoku, a w 1948 został ochrzczony w rzymskokatolickim kościele parafialnym w KrynicyUtwór Janusza Szubera pt. Nikifor, zob. Według innych źródeł urodził się 10 grudnia 1948, zob. Kto jest kim w Polsce, edycja IV (zespół redakcyjny Beata Cynkier i inni), Warszawa 2001, s. 939.