Obecnie sporą część zadań przejęło założone z inicjatywy laureata Nagrody Templetona prof. dr hab. Michała Hellera w 2008 r. Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych. Jego członkowie współpracują z wieloma instytucjami naukowymi o podobnym ukierunkowaniu - organizują tak krajowe, jak i międzynarodowe sympozja, zjazdy i konferencje. Centrum posiada własne wydawnictwo Copernicus Center Press.
Koło Naukowe Przy Wydziale Filozoficznym funkcjonuje Koło Naukowe Studentów Filozofii, które w roku 2011 zostało uznane za najlepsze koło naukowe w Polscehttp://struna.edu.pl/pub/wyniki-konkursu-struna.pdf. Jego działalność opiera się na samodzielnej aktywności naukowej studentów, ukierunkowanej na analizę i dyskutowanie klasycznych problemów filozofii. Od początku funkcjonowania podstawę działalności Koła stanowią cotygodniowe spotkania w malowniczej siedzibie położonej w podziemiach uczelni przy ul. Franciszkańskiej 1. Odbywają się one w ramach pięciu sekcji: estetyki, filozofii procesu, filozofii przyrody, filozofii starożytnej oraz filozofii teoretycznej. W siedzibie jest gromadzony bogaty księgozbiór, obejmujący klasyczne dzieła filozofii, monografie oraz czasopisma naukowe (polskie i zagraniczne).