Ptaki występujące w parku to narażone na wyginięcie (VU) harpia wielka i ara zielona, a także m.in.: czubacz białosterny, harpia gujańska, gardlinek brązowogrzbiety, gruchacz siwoskrzydły, lasówka niebieska. Indianie thumb|Przedstawiciele plemienia Huaorani|lewoYasuní jest zamieszkiwane przez przedstawicieli dwóch Indiańskich grup etnicznych: Kiczua i Huaorani (zwani również Waorani). Pierwotnymi mieszkańcami są jednakowoż Huaorani. Dodatkowo żyją tam dwa plemiona nie utrzymujące kontaktów ze światem zewnętrznym – Taromenane i Tagaeri, o których przypuszcza się, że są spokrewnieni z Huaorani. Pierwotnie Huaorani byli ludem łowców-zbieraczy, którzy uprawiali też ogrody leśne.
Pierwsze wzmianki o żyjących w Yasuní agresywnych Indianach pochodzą z przełomu XIX i XX wieku. Do pierwszego pokojowego kontaktu między przedstawicielami szczepu Huaorani a ludźmi z zewnątrz doszło dopiero w 1958 roku. Do tego momentu Indianie byli znani z ataków oszczepami na pracowników firm wydobywczych i próbujących się z nimi skontaktować misjonarzami.