Skierowany do pracy w Centralnej Technice przy Sztabie Głównym Gwardii Ludowej, kierował redakcją „Gwardzisty”. Pracował wraz z żoną Stanisławą Sowińską. W nocy na 29 września 1942 został aresztowany i osadzony na Pawiaku, skąd 19 listopada 1942 został wywieziony do niemieckiego obozu Auschwitz, a stamtąd w marcu 1943 do niemieckiego obozu Sachsenhausen.
W latach 1945–1946 Zastępca Szefa Wydziału Informacji Łódzkiego Okręgu Wojskowego, a do grudnia 1948 Szef Wydziału I GZI WP, odpowiedzialnego za ochronę kontrwywiadowczą Instytucji Centralnych Ministerstwa Obrony Narodowej. Następnie w latach 1949–1956 pełnił funkcję zastępcy dowódcy Wojskowego Korpusu Górniczego.
8 grudnia 1956 Aleksander Kokoszyn zastąpił na stanowisku Szefa GZI MON pułkownika Karola Bąkowskiego. Jako nowy szef miał za zadanie zreorganizować tzw. Informację Wojskową oraz oczyścić jej strukturę z sadystów, którzy stosowali zbrodnicze metody (tortury) podczas śledztwa. Działania te miały w doprowadzić do stworzenia nowej formacji, czyli Wojskowej Służby Wewnętrznej. Wraz ze zniesieniem KdsBP (na mocy Zarządzenia nr 347 Prezesa Rady Ministrów z 28 listopada 1956) organa tzw. Informacji Wojskowej w Siłach Zbrojnych PRL pozostały w MON, a organa Informacji Wojsk Wewnętrznych (tj.