Kierunek obrany przez II Sobór Watykański (1962-1965) doprowadził do powstania teologii wyzwolenia, która odgrywała znaczącą rolę na brazylijskiej lewicy aż do lat 90.
W 1961 roku, po rezygnacji Jânio Quadrosa, wiceprezydentem kraju został socjaldemokrata João Goulart. Został on obalony w 1964 roku w wyniku wojskowego zamachu stanu. Największym przeciwnikiem Goularta był Carlos Lacerda członek prawicowej "União Democrática Nacional", syn Mauricio de Lacerda, założyciela PCB.
Wojskowa dyktatura (1945-1985) W wyniku puczu z 1964 roku, wszystkie partie polityczne zostały zakazane, a organizacje socjalistyczne rozpoczęły działalność podziemną. W 1965 roku umiarkowani politycy lewicy dołączyli do Brazylijskiego Ruchu Demokratycznego (Movimento Democratico Brasileiro – MDB), partii opozycyjnej względem reżimu. Druga połowa lat 60. i 70. była okresem nieustannych prześladowań socjalistów i innych grup opozycyjnych wobec reżimu. Zdecydowano większość opozycjonistów była zwolennikami lewicy od socjalizmu po leninizm i maoizm. Powolny proces demokratyzacji zainicjowany przez Ernesto Geisela w drugiej połowie lat 70.