Pięć lat później Chmielnicki przekazał wspólnocie wsie Nowe Petrowcy i Moszczany oraz Wyszhorod.
Opiekę nad monasterem sprawowali także kolejni hetmani kozaccy. Od 1664, gdy wojsko polskie zniszczyło monaster Zaśnięcia Matki Bożej w Trechtymirowie, Monaster Międzygórski przejął jego tradycyjną funkcję przytułku dla starych, chorych i rannych Kozaków zaporoskich. Inną wersję na temat przejęcia tej funkcji od klasztoru trechtymirowskiego podaje Edward Rulikowski:
Tradycją w społeczności kozackiej stało się odbywanie pielgrzymek do klasztoru, jak również przekazywanie darów dla jego świątyń. Od 1687W. Mokry, Stosunek państwowych i cerkiewnych władz moskiewskich do ukraińskiej Cerkwi prawosławnej i unickiej w wiekach XVII-XX [w:] red. R. Łużny, F. Ziejka, A. Kępiński, Unia brzeska. Geneza, dzieje i konsekwencje w kulturze narodów słowiańskich, Towarzystwo Autorów i Wydawców Prac Naukowych „UNIVERSITAS”, Kraków 1994, , s.86 monaster posiadał przywilej stauropigii. Lata 1660-1700 były czasem jego największego rozkwitu.
Przed śmiercią podarował monasterowi wydaną w 1644 roku we Lwowie, starą ewangelię, która dziś znajduje się w Archiwum Kraju Krasnodarskiego.