W kwietniu 1657 Capricornus opuścił Bratysławę, aby przyjąć posadę nadwornego kapelmistrza księcia Eberharda III w Stuttgarcie. W swym liście pożegnalnym uzasadnia odejście stanem zdrowia. W odpowiedzi mieszkańcy Bratysławy w liście dziękczynnym określili go jako muzyka "o wyjątkowej... pilności, tak że chętnie by go mieli o wiele dłużej". Jest jednak prawdopodobne, że głównym powodem był klimat religijny w monarchii austriackiej.
W Stuttgarcie Capricornus znalazł sprzyjające warunki dla działalności kompozytorskiej. Z tego okresu pochodzi interesujący dokument - polemika z innym stuttgarckim muzykiem, Ph. Boedeckerem, który atakuje Capricornusa. Ten jednak broni swego stylu kompozytorskiego i wskazuje na wzory w twórczości takich kompozytorów, jak G. Valentini i A. Bertali. W latach 1661–65 r. jego uczniem był Johann Fischer.