Odnaleziona rok później ekskomunika wywołała wielkie wzburzenie w stolicy.
Podczas pobytu w klasztorze, Atanazy zachował wpływ na cesarza, który po 10 latach, w czerwcu 1303 r., ponownie wezwał go na stolicę patriarszą (okazją stało się spełnione proroctwo o trzęsieniu ziemi). Podczas swojego drugiego patriarchatu Atanazy skupił się na kwestiach prawa i moralności, a także na polityce socjalnej Cerkwi. Prowadził aktywną działalność charytatywną, zwłaszcza w czasie klęski głodu, którą wywołał w stolicy napływ tysięcy chłopów uciekającymi przed łupiestwami Kompanii Katalońskiej. Pozbawionym środków do życia uciekinierom Atanazy zapewnił żywność i noclegi. Dążył do wzmocnienia roli monastycyzmu w życiu Kościoła i społeczeństwa i podniesienia pozycji patriarchatu w imperium. Antyłacińska postawa Atanazego wpłynęła na ograniczenie kontaktów Cesarstwa z Zachodem. Opozycja biskupów i duchowieństwa doprowadziły we wrześniu 1309 r. do powtórnego ustąpienia Atanazego ze stanowiska patriarchy. Ostatnie lata życia spędził w klasztorze Ksirolof, gdzie zmarł w podeszłym wieku. Wkrótce po śmierci zaczął odbierać cześć jako święty.