Michała Reichera jest związana głównie z tą uczelnią.
W 2003 w strukturę Akademii Medycznej w Gdańsku włączono Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej (IMMiT) w Gdyni, utworzony w 1935 przez Józefa Jakóbkiewicza jako filia Państwowego Zakładu Higieny i przekształconego w 1938 w Instytut Medycyny Morskiej.
W struktury uczelni wchodzą cztery podmioty lecznicze: Uniwersyteckie Centrum Kliniczne (wraz z sanitarnym lądowiskiem na dachu), który jest obecnie największym szpitalem w Polsce, Uniwersyteckie Centrum Medycyny Morskiej i Tropikalnej, Uniwersyteckie Centrum Stomatologiczne oraz Centrum Medycyny Rodzinnej.
Pod względem liczby kształconych studentów plasuje się w pierwszej trójce w Polsce.
Przy uczelni działa Muzeum Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego.
Władze W kadencji 2024–2028: Rektor – prof. Michał Markuszewski Prorektor ds. klinicznych, pierwszy zastępca Rektora – dr hab. Prorektor ds. kształcenia – prof. dr hab. Agnieszka Zimmermann Prorektor ds. nauki – prof. Michał Żmijewski Prorektor ds. studenckich – prof. Aleksandra Gaworska-Krzemińska Prorektor ds. rozwoju i współpracy – prof. Anna Żaczek Kanclerz (p.o.) – prof. dr hab.