Na początku września 2012 wojska kenijskie i somalijskie przystąpiły do oblężenia miasta. Kenijczycy stanęli u bram miasta i czekali z zainicjowaniem szturmu na nadciągnięcie taborów. 4 września 2012 kenijska marynarka wojenna ostrzelała port oraz miasto znad wód Oceanu Indyjskiego. W czasie oblężenia, miasto było bombardowane z powietrza oraz morza. Najważniejszymi celami było lotnisko oraz magazyny broni używane przez rebeliantów. W czasie trwania operacji śmierć poniosło wielu cywilów o co oskarżono armię kenijską. Miasto, które zamieszkiwało ponad 183 tysięcy ludzi, w czasie trzech tygodni oblężenia opuściło 5 tysięcy cywilów, natomiast na tydzień przed atakiem 7 tysięcy cywilów, co dało łącznie 12 tysięcy uchodźców.
Wobec klęsk Szebabów, 24 września 2012 Mohamed Moallin ogłosił wydzielenie się ugrupowania Hizbul Islam z Al-Shabaab. Oznaczyło to opuszczenie rebeliantów z Al-Shabaab przez głównych sojuszników. Rzecznik Hizbul Islam motywował to zmianami na somalijskiej scenie politycznej. Dodał, że ugrupowanie nie zgadzało się z filozofią polityczną, a bojownicy zostali zdominowani przez swojego sojusznika. Lider Hizbul Islam, Szejk Hassan Dahir Awejs, krytykował radykałów za zabijanie cywilów i powiązania z Al-Kaidą.