W czerwcu 1980 zrezygnował z członkostwa w KSS „KOR”, podając jako przyczynę sytuację rodzinną, osobistą i zdrowotnąJan Skórzyński Siła bezsilnych. Historia Komitetu Obrony Robotników, wyd. Świat Książki, Warszawa 2012, s. 438. Rezygnację tę KSS „KOR” przyjął do wiadomości w lipcu tegoż roku, a we wrześniu 1980 poinformował o tym w swoim KomunikacieJan Józef Lipski KOR. Komitet Obrony Robotników. Komitet Samoobrony Społecznej, wyd. IPN, Warszawa 2006, s. 471. Według informacji zachowanych w archiwum Instytutu Pamięci Narodowej przyczyną odejścia z Komitetu była złożona przez SB propozycja zaprzestania prześladowań w zamian za ograniczenie działalności opozycyjnej. Według relacji Lecha Dymarskiego przyczyną rezygnacji były zarzuty związane z nierozliczeniem się z pieniędzy z tytułu sprzedaży książek Niezależnej Oficyny Wydawniczej. Dokumentacja archiwalna IPN wskazuje przy tym, że Służba Bezpieczeństwa starała się skompromitować J. Nowackiego, zabierając mu w czasie rewizji notatki z rozliczeniami za publikacje podziemne.