W następnym sezonie Lee został wypożyczony z powrotem do Football League Division 2, do zespołu Rotherham United. Podczas wypożyczenia zdobył 2 gole w 10 spotkaniach, co skłoniło Rotherham do wykupienia go z Burnley za 150 tysięcy funtów. Sezon 2000/01 zakończył łącznie z 15 bramkami dla Rotherham, pomagając drużynie wywalczyć awans. W Football Legue First Division Lee zdobył 9 bramek w 38 spotkaniach, a zespół Rotherham zajął ostatnie bezpieczne, 21. miejsce. Kolejny sezon był jeszcze lepszy i dla zawodnika i dla Rotherham, który zajął 15. miejsce w lidze. Lee natomiast zagrał w 42 meczach, w których 15 razy wpisywał się na listę strzelców.
Dobra postawa w Rotherham zaowocowała transferem do Cardiff City, które wyłożyło za napastnika 850 tysięcy funtów. W czasie 2,5-letniego pobytu w stolicy Walii, Lee zaliczył 86 meczów ligowych, w których zdobył 10 bramek.
10 stycznia 2006 roku przeszedł za około 100 tysięcy funtów do Ipswich Town, z którym podpisał 2,5-letni kontrakt. Podczas pobytu w Ipswich, Lee zagrał w 103 meczach, strzelając 31 bramek.