Gdy Stalin postanowił usunąć Jagodę ze stanowiska szefa NKWD (wrzesień 1936), jego następcą miał zostać, wedle pomysłu Stalina, Nestor Łakoba. Nie chciał on jednak przenosić się do Moskwy, miał bowiem plan ponownego przekształcenia Abchazji w pełnoprawną republikę radziecką. Te plany zaniepokoiły Stalina, który widział w tym niebezpieczeństwo dla swojej narodowościowej polityki wewnątrz ZSRR, a także zwróciły uwagę podejrzliwego dyktatora na wyjątkową pozycję Łakoby, którego krewni obsadzili w Abchazji wszelkie możliwe stanowiska.
Po powrocie z Moskwy Łakoba został zaproszony przez Berię na kolację do Tyflisu. Niechętnie pojechał do gruzińskiej stolicy, gdzie 27 grudnia 1936 był gościem Berii. Następnie w jego towarzystwie udał się do teatru, gdzie doznał mdłości. Następnego dnia rano, o godz. 4:20 Łakoba zmarł, przeświadczony, że został otruty przez Berię. Prasa poinformowała o ataku serca, co było wątpliwe, jednak Beria nie zezwolił na sekcję zwłok, a narządy wewnętrzne rozkazał spalić. Łakoba był pierwszym człowiekiem z bliskiego kręgu Stalina zamordowanym na jego rozkaz.