Na początku listopada az-Zawahiri po raz kolejny nakazał rozwiązanie ISIL i powrót bojowników al-Baghdadiego do Iraku, z kolei armią Al-Kaidy w Syrii obwołał ugrupowanie Dżabhat an-Nusra. Wówczas ISIL porzuciło sojusz z Dżabhat an-Nusra, wdając się z nimi w bratobójczą walkęTop Syrian rebel commander denies reports of fleeing haaretz.com..
W styczniu 2014 Dżabhat an-Nusra zostało wyparte przez ISIS m.in. z głównego bastionu jakim była Ar-Rakka, zajęta po bitwie z siłami rządowymi w marcu 2013. W lutym i marcu 2014 Dżabhat an-Nusra i Front Islamski przeprowadziły drugą ofensywę wymierzoną w ISIS, w efekcie której dżihadysci zostali zmuszeni do ucieczki ze swoich pozycji w muhafazie Dajr az-Zaur. Jednak zmiana sytuacji nastąpiła po bitwie o Markadę w dniach 21–29 marca 2014, kiedy to ISIS pokonało Dżabhat an-Nusra i zaczęło ich powoli wypierać ze wschodniej części kraju. Po bitwie o przejście graniczne Abu Kamal z 11 kwietnia 2014, ISIS przegrupowało się i podjęło szeroko zakrojoną ofensywę, która doprowadziła do klęski Dżabhat an-Nusra w muhafazie Dajr az-Zaur.