Pozycja Serapiona (Polchowskiego) jako archimandryty słuckiego była słabsza niż w przypadku jego poprzedników. Uzależniony od Radziwiłłów, patronów klasztoru, pod ich presją w 1690 zrzekł się spadku po księżnej Marii Radziwiłłowej, zapisanego na rzecz podległych mu monasterów, za co otrzymał jedynie 500 zł odszkodowania. Dzięki ugodowej postawie Radziwiłłowie zgodzili się, by archimandryta Serapion został także protopopem słuckim, zwierzchnikiem całego białego duchowieństwa działającego na terenie Słucka. Duchowny uzyskał także od Ludwiki Karoliny Radziwiłł przywileje potwierdzające wolność wyznania dla prawosławnych mieszkańców dóbr do niej należących i uporządkował sprawy własnościowe majątków monasterów w Słucku, pod Starczycami i w Hrozowie.
12 stycznia 1690 archimandryta Serapion został wybrany na biskupa mścisławskiego, mohylewskiego i orszańskiego przez zjazd prawosławnego duchowieństwa i szlachty, spośród czterech kandydatów. Król Jan III Sobieski nie wydał mu jednak przywileju na biskupstwo. Mimo nacisków Rosji (wynikających z postanowień pokoju Grzymułtowskiego, co prawda nieratyfikowanego przez polski sejm) władca nie zmienił decyzji.