Dwa lata później przymus pracy dla Żydów wprowadzono na ziemiach wcielonych do Rzeszy, jednakże tylko sankcjonując stan rzeczy, który panował tam od pierwszych miesięcy okupacji.
Kolejnym etapem antysemickiej polityki okupanta była gettoizacja ludności żydowskiej, oficjalnie uzasadniana względami ekonomicznymi, sanitarnymi lub politycznymi. Jako pretekst do izolacji Żydów w zamkniętych dzielnicach mieszkaniowych posłużył m.in. „pogrom wielkanocny” z marca 1940 roku, urządzony z niemieckiej inspiracji przez polskich skrajnych nacjonalistów. Pierwsze żydowskie getto zostało utworzone już w październiku 1939 roku w Piotrkowie Trybunalskim. W ciągu kolejnych kilku miesięcy w Generalnym Gubernatorstwie i Kraju Warty powstało jeszcze kilkanaście gett, w tym m.in. getto w Łodzi (luty 1940). Począwszy od września 1940 roku proces gettoizacji nabrał bardziej zorganizowanego charakteru. W październiku tegoż roku zarządzono utworzenie „dzielnicy żydowskiej w Warszawie”. W marcu 1941 roku powstały getta w Krakowie i Lublinie. Stosunkowo najpóźniej, gdyż dopiero w grudniu 1941 roku, zakończono natomiast proces gettoizacji w dystrykcie radomskim Generalnego Gubernatorstwa. Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej przystąpiono także do organizowania gett na ziemiach polskich zaanektowanych uprzednio przez ZSRR.