Po skomercjalizowaniu spółka została dokapitalizowana przez Agencję Rozwoju Przemysłu oraz otrzymała pożyczkę na cele restrukturyzacyjne. Operacja ta uczyniła Agencję Rozwoju Przemysłu głównym akcjonariuszem spółki (99,38% udziału w kapitale zakładowym). Jednakże nie uchroniło to stoczni przed kłopotami finansowymi i dwukrotnie w 2006 roku straciła płynność finansową, co groziło nawet ogłoszeniem upadłości spółki. Konieczne było wstrzymanie części pensji dla 1,5-tysięcznej załogi, aby nie wstrzymywać pracy. Sytuacja unormowała się w 2007 roku, kiedy to podpisano kontrakty z zagranicznymi kontrahentami i Służbą SAR. Poprawa sytuacji miała jednak charakter krótkotrwały.
22 grudnia 2009 r. Sąd Rejonowy Gdańsk-Północ w Gdańsku wydał postanowienie o ogłoszeniu upadłości Stoczni Marynarki Wojennej SA z możliwością zawarcia układu z wierzycielami (sygn. akt VI GU 124/09). Ze względu na pogarszającą się sytuację i brak perspektyw zawarcia układu z wierzycielami, w dniu 7 kwietnia 2011 r. Sąd Rejonowy Gdańsk-Północ w Gdańsku wydał postanowienie zmieniające sposób prowadzenia postępowania upadłościowego z postępowania z możliwością zawarcia układu na postępowanie obejmujące likwidację majątku upadłego (sygn.