W 1984 w związku z łagodzeniem stanowiska lidera partii, René Lévesque'a, w kwestii niepodległości, zerwał z nim, opuścił rząd i chwilowo wycofał się z czynnego życia politycznego. Do partii powrócił w 1987, pokonując w 1988 w wyborach na przewodniczącego partii następcę René Lévesque'a – Pierre'a-Marca Johnsona. Wraz z objęciem kierownictwa partii dokonał w jej polityce zwrotu w kierunku radykalnego secesjonizmu. W wyborach parlamentarnych w 1989 partia Parizeau nie odniosła spodziewanego sukcesu zdobywając zaledwie 29 mandatów (ze 125). W kolejnych wyborach, w nowej już sytuacji odniosła znaczny sukces zdobywając bezwzględną większość z 77 mandatami. Jednym z naczelnych punktów programu partii było osiągnięcie politycznej niezależności w przeciągu kilku lat. W związku z tymi planami rozpoczęto naciski w kierunku urządzenia kolejnego referendum. Partnerem Parizeau na poziomie federalnym był lider Bloku Quebecu Lucien Bouchard. Bardziej ostrożna i konserwatywna polityka Boucharda spowodowała, że rola Parizeau w przygotowaniach do referendum była kluczowa i to właśnie jego postać zaczęto identyfikować z radykalnym nacjonalizmem frankofońskim.