największy był kanał przedni, podobnie jak u dwunożnych bazalnych ceratopsów, takich jak psitakozaur, oraz u teropodów. Taka budowa ucha wewnętrznego zdaniem autorów opisu Batyrosaurus sugeruje, że był on zwinnym zwierzęciem dwunożnym; autorzy przyznają jednak, że dla potwierdzenia tej hipotezy konieczne jest odkrycie większej liczby kości szkieletu pozaczaszkowego tego ornitopoda.
Z przeprowadzonej przez Wu i Godefroita (2012) analizy filogenetycznej wynika, że Batyrosaurus był przedstawicielem grupy Hadrosauroidea nienależącym do Hadrosauridae (definiowanych przez autorów opisu B. rozhdestvenskyi jako klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka baktrozaura i parazaurolofa oraz wszystkich jego potomków); według tej analizy Batyrosaurus był taksonem siostrzanym do kladu obejmującego probaktrozaura, eolambię, Protohadros i Hadrosauridae. Był on natomiast bliżej spokrewniony z hadrozaurami niż bazalne hadrozauroidy Bolong, Equijubus, Jinzhousaurus i Altirhinus. Wiele tych bazalnych hadrozauroidów odkryto w Azji, co wspiera hipotezę o wyewoluowaniu hadrozauroidów właśnie na tym kontynencie.