W 1996 roku Carlos przeniósł się do Meksyku, gdzie podpisał kontrakt z zespołem Puebla FC. W tamtejszej Primera División zadebiutował 10 sierpnia w wygranym 2:1 pojedynku z Tolucą, w którym zdobył również pierwszego gola w nowym klubie. W swoim premierowym sezonie, Invierno 1996, został królem strzelców ligi meksykańskiej, strzelając piętnaście bramek, dzięki czemu został pierwszym graczem w historii Puebli, który triumfował w klasyfikacji najskuteczniejszych zawodników rozgrywek. Mimo regularnego wpisywania się na listę strzelców kilkakrotnie musiał notować dłuższe przerwy w grze – w 1997 roku, za zbyt impulsywną reakcję na decyzję sędziego, został zawieszony na osiem spotkań, za to kilka miesięcy później pauzował przez kilka tygodni z powodu kontuzji. W 1998 roku odszedł z Puebli po tym, jak szkoleniowiec Raúl Cárdenas nie widział dla niego miejsca w zespole. Po odrzuceniu oferty z CF Pachuca przez rok pozostawał bez klubu, po czym został piłkarzem innego klubu z miasta Puebla, drugoligowego Lobos BUAP.