Po uzyskaniu autonomii przez Katalonię, Nin został ministrem sprawiedliwości w autonomicznym rządzie katalońskim, z którego w wyniku nacisków Stalina został usunięty w grudniu 1936. Po delegalizacji POUM 16 czerwca 1937 r. policja Rządu Republikańskiego przy udziale polskiego Dąbrowszczaka Leona Narwicza aresztowała Andreu Nina wraz z innymi przywódcami POUM. Zostali przekazani agentom NKWD i zabrani do tajnego więzienia w Madrycie, w kościele na Cale Atocha. Nina oddzielono i przewieziono do Alcala de Henares. Na polecenie rezydenta NKWD Aleksandra Orłowa był przesłuchiwany i torturowany przez Ricarda Burillo i Ernő GerőStéphane Courtois, Jean-Louis Panné, Cień NKWD nad Hiszpanią, w: Stéphane Courtois, Nicolas Werth, Jean-Louis Panné, Andrzej Paczkowski, Karel Bartošek, Jean-Louis Margolin, Czarna księga komunizmu. Zbrodnie, terror, prześladowania, , s. 322. od 18 do 20 czerwca. Nin odmówił przyznania się do zarzucanych mu, sfabrykowanych oskarżeń (zarzucano mu przekazywanie wrogowi danych o celach dla artylerii). Odmówił również podpisania jakiejkolwiek deklaracji obciążającej jego partię. Następnie przeniesiono go do domu pod miastem, należącego do Constancii de la Mora, żony Hidalga de Cisnerosa, i tam zamęczono na śmierć. Stalinowcy upozorowali dowody, jakoby Nin został odbity przez falangistów.