Główne nurty pracy naukowej obejmowały badania nad przetwórstwem owoców i warzyw oraz związane z tym zagadnienia chemiczne. Za najważniejsze osiągnięcie E. Sobkowskiej uważane są badania nad barwnikami buraka ćwikłowego. Opracowanie metody produkcji barwnika z tej rośliny było przedmiotem kilku patentów, których była współautorem wraz z prof. Januszem Czapskim. W czasie aktywności zawodowej odbyła wiele staży i wyjazdów naukowych do Europy i Ameryki Północnej.
Była członkiem Komitetu Technologii i Chemii Żywności PAN, w ramach którego zainicjowała utworzenie Sekcji Technologii Owoców i Warzyw. Była też członkiem towarzystw naukowych i rad naukowych instytutów z branży technologii żywności. Z jej inicjatywy powstał Wielkopolski Oddział Polskiego Towarzystwa Technologów Żywności. thumb|240px|Grób profesor Eugenii Sobkowskiej na Cmentarzu Junikowskim Została pochowana na Cmentarzu Junikowo w Poznaniu (pole 9-2-B-5).
Rodzina Siostra, Elżbieta Czerwińska oraz jej mąż, Zbigniew Czerwiński, byli profesorami ekonomii na Akademii Ekonomicznej w Poznaniu. Brat męża, Jerzy Sobkowski, jest emerytowanym profesorem chemii Uniwersytetu Warszawskiego.