Prezes Komitetu Budowy Kościoła – Leon Wodziński ofiarował drewno na budowę, kolej dokonała bezpłatnej zwózki materiałów. Na potrzeby budowy założono nawet własną cegielnię pod Raciążkiem.
Budowę kościoła, według projektu warszawskiego architekta Edwarda Cichockiego i Jana Hinza rozpoczęto w 1873 roku a zakończono w 1884 roku. Benedykcji ukończonej świątyni dokonano zaraz po zakończeniu budowy, a uroczystej konsekracji – dopiero w 1904 r.
Wybudowano go początkowo jako kościół filialny parafii w Raciążku. Dopiero jednak po uzyskaniu przez Polskę niepodległości, staraniem miejscowej ludności można było erygować ciechociński kościół na kościół parafialny. Dekretem biskupa włocławskiego Stanisław Zdzitowieckiego dnia 8 maja 1918 roku erygowano kościół i utworzono parafię. Okręg parafialny w Ciechocinku utworzyły wsie: Ciechocinek, Nowy Ciechocinek, Słońsk Dolny i Górny, Wołuszewo i Wygoda.
Od 16 października 2018 roku, decyzją biskupa włocławskiego Wiesława Meringa, świątynia stała się kolegiatą i siedzibą ciechocińskiej kapituły kolegiackiej.