W latach 1496–97 ponownie przebywał w Wenecji, a w 1498 roku w Rzymie. W 1499 roku powrócił do Metony po wybuchu wojny turecko-weneckiej. Zginął w czasie obrony miasta 9 sierpnia 1500 roku.
Pisma Józef z Metony był jednym z najwybitniejszych teologów schyłkowego okresu literatury bizantyńskiej. Kontynuował zainicjowane przez Bessariona dzieło utrwalania i obrony unii florenckiej. W Apologii soboru florenckiego (Apologia, PG 159, 1024–1093), podkreślał to, co łączyło oba Kościoły chrześcijańskie, odpierając zarzuty Marka Eugenika, przeciwnika unii. Przeciw Eugenikowi skierował również Mowę obrończą (Logos apologetikos). W kilku traktatach poruszał problemy pochodzenia Ducha Świętego, Eucharystii, czyśćca i prymatu w Kościele. W Dialogu (Dialogos, PG 159, 960–1024) ujętym w formę dialogu siedmiu osób omówił, w kontekście uchwał soboru florenckiego, kwestię jedności obydwu Kościołów na tle różnic pomiędzy doktryną łacińską i grecką.