W latach 50. w Departamencie II MBP dokonano szeregu przekształceń polegających na wyłączeniu z niego niektórych spraw i utworzeniu kolejnych samodzielnych komórek. W ten sposób zgodnie z rozkazem organizacyjnym nr 042 ministra z 6 czerwca 1950 r. powołano Departament Łączności MBP (który przejął również sprawy radiokontrwywiadu) oraz Centralne Archiwum MBP, a na mocy rozkazu organizacyjnego nr 0131 ministra z 11 września 1952 r. działalność rozpoczęło Biuro „C” MBP (ds. szyfrów). Ponadto 15 czerwca 1954 r. po wydzieleniu jednostek laboratoryjnych Departamentu II MBP i Departamentu Łączności MBP utworzono Departament Techniki Operacyjnej MBP, który rozkazem organizacyjnym nr 0105 ministra z 17 listopada 1954 r. został przemianowany na Instytut Techniki Operacyjnej MBP.
Rozwiązanie MBP i powołanie Komitetu do Spraw Bezpieczeństwa Publicznego spowodowało kolejne zmiany strukturalne. Na podstawie rozkazu organizacyjnego nr 054 przewodniczącego komitetu z 18 marca 1955 r. w miejsce Departamentu II MBP i Instytutu Techniki Operacyjnej MBP utworzono Departament IX KdsBP i Instytut Techniki Operacyjnej KdsBP, dodatkowo część dotychczasowych struktur pionu II przekazano do innych jednostek (na bazie Wydziału I Departamentu II MBP ds. ewidencji operacyjnej zgodnie z rozkazem nr 019 z 11 marca 1955 r.