Od 26 stycznia 1796 r. rządy w Białymstoku przejęli Prusacy. Pruska administracja cywilna podjęła działania od czerwca 1797 r., Kamerą Wojen i Domen (wojenno-ekonomiczną) kierował prezydent Karol von Knobloch, a od 1802 r. Fryderyk von Wagner, zaś władzę sądowniczą przejęła Rejencja. W Białymstoku ulokował się ponadto landrat (starosta), tu mieściły się zarządy różnego rodzaju służb, deputacje, komisje, powstała hipoteka. Łącznie w mieście przebywało około 200 dobrze opłacanych urzędników, w zdecydowanej większości przyjezdnych z Prus i stacjonowały cztery kompanie batalionu fizylierów oraz oddział z regimentu bośniaków, czyli razem ponad 560 żołnierzy, a z rodzinami ponad tysiąc osób. Na potrzeby gospodarki miejskiej pracowało ponad 600 osóbA. Cz. Dobroński, Białystok historia miasta. Białystok 2001 r. s. 53–57..
W 1802 r. miasto Białystok sprzedane przez Potockich, sukcesorów Branickiego, przechodzi na własność rządu pruskiego i staje się centrum administracyjnym, jako siedziba departamentu białostockiego Prus Nowowschodnich i siedzibą władz utworzonego wówczas powiatu białostockiegoS. Andrzejewski, M. Siuchniński, Miasta polskie w tysiącleciu, tom pierwszy. Zakład Narodowy im. Ossolińskich, Wrocław – Warszawa – Kraków 1965 r. s. 243..