Wkrótce przeciwko polityce biskupa wystąpił zarówno Rząd Tymczasowy, jak i duchowieństwo diecezjalne, co w konsekwencji doprowadziło do odwołania Serafina z urzędu biskupiego.
Po przewrocie bolszewickim rozpoczęły się antyreligijne represje nowej władzy. Aresztowany i rozstrzelany został m.in. duchowny cerkwi Wszystkich Świętych, Aleksiej Katagoszczin. W 1918 decyzją władz bolszewickich majątek kościelny cerkwi został znacjonalizowany, a jego użytkowanie miało odtąd odbywać się w porozumieniu z lokalną władzą. W 1918 jekaterynburska cerkiew Wszystkich Świętych częściowo spłonęła; duża część wnętrz oraz zgromadzonego dotąd wyposażenia uległa zniszczeniu w czasie pożaru. Odbudowa i restauracja trwały dwa lata, wnętrza zyskały nowe elementy dekoracyjne, jeden z fresków został wykonany pod kierownictwem Wiktora Wasniecowa. 28 września 1920 miejscowe organy władzy ustaliły wraz z przedstawicielami zarówno strony kościelnej jak i parafian zasady korzystania z budynku cerkwi Wszystkich Świętych i przyległych zabudowań. Wiązało się to także z przeprowadzeniem dokładnej kontroli i sporządzeniem szczegółowego spisu inwentarza. Kwerenda ta okazała się bardzo przydatna w maju 1922, gdy władze bolszewickie rozpoczęły na masową skalę akcję konfiskaty majątku Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.