Wielu duchownych z obydwu tych nurtów zostało aresztowanych, a następnie rozstrzelanych lub skazanych na długoletnie zesłanie do łagrów. W latach 1937–1938 na terenie obwodu swierdłowskiego zamknięto 53 cerkwie, w 1939 – 15, w 1940 co najmniej 13, a w pierwszej połowie 1941 – co najmniej 15. W 1941 zlikwidowano ostatnie dwie parafie renowacjonistów, najpierw w cerkwi Wszystkich Świętych, a następnie w cerkwi św. Jana Chrzciciela. Cerkiew Wszystkich Świętych została opuszczona i nie odbywały się w niej nabożeństwa.
Lata 1941–1989 mały|200px|Kaplica świętych Guriasa, Samonasa i Habiba Mimo że cerkiew została zamknięta w 1941, to budynek nie został ograbiony ze znajdujących się wewnątrz sprzętów liturgicznych i innego wyposażenia. Po ataku Niemiec na ZSRR poprawiła się nieco sytuacja wiernych. W 1943 władze kościelne uzgodniły z władzami państwowymi możliwość otwarcia świątyń na terenie obwodu swierdłowskiego. Na 93 podania o wznowienie nabożeństw tylko 4 zostały rozpatrzone pozytywnie – w tym ta dotycząca cerkwi Wszystkich Świętych. Celebracje liturgiczne zostały wznowione w 1944. Przeniesiono tu m.in. ocalały ikonostas z zamkniętej cerkwi Riazanowskiej.