Nie wiemy jak wyglądał ówczesny kościół, w źródłach mowa jest o ołtarzu Trzech Króli (1419 r.), ołtarzu św. Marii Magdaleny (1461 r.), ołtarzu św. Jana Chrzciciela (1467 r.). W 1506 r. wymieniany jest domek przy kościele stojący przy cmentarzu. lewo|mały|Kościół w Ostrorogu widok od północy - zwraca uwagę brak zegara na wieży Nadanie kościoła braciom czeskim potwierdził Jan, syn Jakuba Ostroroga, w 1569 roku. Dokument ten wskazuje, jak bogato uposażono kościół (domki, szkoła, ogrody tamże, rola i łąka w mieście, łąka w Wielonku, ogród w Piaskowie, jezioro przy jeziorze Mormin, łąka w Kluczewie, dziesięciny z miasta i wsi). Zbór braci w Ostrorogu dotykały wielkie klęski: w 1555 roku palił się Ostroróg, a w pożarze ucierpiał również kościół. Pożar zniszczył kościół również w 1589 r. Kolejny pożar w 1595 r. strawił całe miasto, kościół i budynki plebańskie, jednak dzięki hojności Ostrorógów oraz bogatych rodzin szkockich, które te ziemie w XVI wieku zamieszkiwały, po każdym pożarze kościół wznoszono w jeszcze bardziej okazałej postaci. W Ostrorogu znajdowało się seminarium braci czeskich, archiwum i biblioteka. Sytuacja jednak zmieniła się po 1632 roku, kiedy to po wymarciu Ostrorogów i oddaniu tych terenów w dzierżawę bez opieki dziedziców kościół został przejęty przez katolików. Działo się to w 1636 roku w sobotę św.