Poza szpitalem w źródłach wspominana jest również szkoła, która działała przy kościele. W XV wieku szkoła w Ostrorogu miała dodatkowe uposażenie od Jana Świdwy z Szamotuł. W tym czasie było co najmniej dwóch nauczycieli, przy czym jeden był zarazem głównym nauczycielem, kantorem szkoły i kościoła. Wraz z oddaniem kościoła w ręce braci czeskich, przekazana została również szkoła. Po odzyskaniu kościoła przez katolików szkoła nadal funkcjonowała. Braniecki (w 1641) podaje, że rektor szkoły wypełnia również obowiązki kantora i otrzymuje wynagrodzenie od miasta, kościoła i od prepozyta pod warunki utrzymywania ucznia zdolnego do śpiewu w chórze. W 1725 roku w czasie wizytacji szkoła jeszcze funkcjonowała, natomiast w 1785 roku szkoły już nie było, a organista uczył kilkoro uczniów w domu.
W 1776 r. staraniem kasztelana przemęckiego Adama Kwileckiego kościół został przebudowany i otrzymał obecny kształt. Józef Łukaszewicz zarzucił Kwileckiemu, że mury gotyckiej świątyni kazał do połowy rozebrać, a w miejsce pięknej gotyckiej budowli utworzył niepozorny i niekształtny gmach. Ten sam autor zarzuca Kwileckiemu, że groby Ostrorogów bezbożnie wyrzucił.