Nawa główna otwarta na boczne nawy arkadami opartych na czworobocznych filarach. Nawa główna wyższa od bocznych co nadaje bazylikowego układu. Strop drewniany pokryty polichromią. Na podłodze kamienna posadzka. Późnobarokowy chór muzyczny oparty na łukowatej arkadzie.
Wnętrze lewo|mały|Kościół w Ostrorogu - fragment polichromii scena wygnanie z raju Na drewnianych stropach we wszystkich nawach imponując polichromia nieznanego autorstwa pochodząca z ok. 1776 r. Polichromia zajmuje powierzchnię 350 m². Polichromia została umieszczona na drewnie sosnowym i namalowana z wykorzystanie podziałów iluzjonistycznym, dzięki czemu odnosi się wrażenie rzeczywistości malowidła. W nawie głównej przedstawiono sceny z życia Jana Chrzciciela: 1) nauczanie św. Jana Chrzciciela, 2) chrzest Jezusa, 3) ścięcie św. Jana Chrzciciela, 4) uczta Heroda. W nawie południowej umieszczono z kolei sceny z życia Matki Boskiej: 1) niepokalane poczęcie Najświętszej Maryi Panny, 2) koronowanie Najświętszej Maryi Panny, 3) wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny, 4) hagiogram Najświętszej Maryi Panny.