Historia Biblioteka powstała po II wojnie Światowej w 1946 roku z inicjatywy wizytatora bibliotek w Kuratorium Okręgu Szkolnego Gdańskiego mgr Kazimierza Jasiulańca – absolwenta Uniwersytetu im. Stefana Batorego w Wilnie, pracującego przed wojną jako bibliotekarz w Bibliotece Uniwersyteckiej. Początkowo była to Okręgowa Biblioteka Pedagogiczna i mieściła się w Sopocie przy ul. Marii Skłodowskiej-Curie 10/12. Pierwszym dyrektorem była Leokadia Jasiulaniec. Status Pedagogicznej Biblioteki Wojewódzkiej uzyskała w 1951 r. i od tego momentu sprawowała opiekę merytoryczną nad pedagogicznymi bibliotekami powiatowymi. Rok później przeniesiona została do Gdańska. Do 1956 r. funkcjonowała się przy ul. Liebermana (w dzielnicy Wrzeszcz) a w latach 1956–1973 przy ulicy Wały Jagiellońskie 24. W 1973 r. placówka umieszczona została w zabytkowym budynku przy Alei Gen. J. Hallera 14 w Gdańsku-Wrzeszczu (w gmachu dawnych szkół dla chłopców i dziewcząt - Bezirk-Knabenschule Nauschottland, Bezirk-Mädchenschule Neuschottland przy Ostseestrasse) i funkcjonuje w nim do dziś. W 1975 r. drugim dyrektorem PBW w Gdańsku została dr Maria Etmańska. Z okazji 30-lecia swego istnienia w 1976 bibliotece nadano imię Gdańskiej Macierzy Szkolnej. W latach 1993–1999 – książnica funkcjonowała w ramach większej placówki oświatowej: Centrum Edukacji Nauczycieli.