Hiszpański polityk i człowiek oświecenia Gaspar Melchor de Jovellanos dał wyraz swojemu zgorszeniu, kiedy zaproszony przez Godoya na kolację zobaczył go siedzącego przy stole z żoną po jednej stronie i wieloletnią kochanką Pepitą Tudó po drugiej.
Wojna niepodległościowa 17 marca 1808 na obrzeżach Madrytu wybuchły zamieszki w Aranjuez spowodowane polityką Godoya, która doporowadziła do francuskiej inwazji na Półwysep Iberyjski. Godoy został aresztowany, a Karol IV abdykował na rzecz syna, Ferdynanda VII. Nieszczęśliwa w małżeństwie Maria Teresa porzuciła męża i córkę Carlotę, i przeniosła się do Toledo pod opiekę brata. 2 maja 1808 wybuchło ludowe powstanie przeciwko francuskim najeźdźcom, następnie Ferdynand VII abdykował na rzecz Napoleona, a ten na rzecz swojego brata Józefa.
W lipcu 1808 Hiszpanie wygrali bitwę pod Bailén, a w sierpniu odbili Madryt. W 1809 Napoleon ponownie zajął cały półwysep oprócz Kadyksu, chronionego przez angielską i hiszpańską flotę. Maria Teresa i jej brat uciekli z Toledo do Kadyksu, gdzie działała opozycja.