Pierwsze sześć części rozgrywa się w jednej linii czasowej, gdzie konflikt pokoleniowy wynika z rywalizacji między Jonathanem Joestarem a Dio Brando, natomiast trzy ostatnie rozgrywają się w alternatywnym wszechświecie, w którym drzewo genealogiczne Joestarów jest znacznie zmienione.
Część 1: Pod koniec XIX wieku w Anglii młody Jonathan Joestar, syn zamożnego właściciela ziemskiego, poznaje nowego przybranego brata, Dio Brando, który go nienawidzi i planuje przejąć jego pozycję jako spadkobiercy rodziny Joestarów. Gdy próby Dio zostają udaremnione, przemienia się on w wampira za pomocą starożytnej kamiennej maski i niszczy posiadłość Joestarów. Jonathan wyrusza w podróż, podczas której poznaje nowych sojuszników i opanowuje technikę sztuk walki zwaną hamonem, aby powstrzymać Dio, który teraz dąży do dominacji nad światem.
Część 2: W 1938 roku niemieccy badacze odkrywają trzy istoty zwane ludźmi z filaru – potężne humanoidy, które są odpowiedzialne za stworzenie kamiennej maski. Ludzie z filaru budzą się i uciekają w poszukiwaniu czerwonego kamienia Aja, który ma uczynić ich niezwyciężonymi istotami doskonałymi.