Jesienią tego samego roku stracił miejsce w składzie na rzecz nowo przybyłego Luisa Amaranto Perei, lecz po upływie sześciu miesięcy powrócił do wyjściowej jedenastki i w wiosennym sezonie Clausura 2013 jako kluczowy punkt linii defensywy wywalczył z Cruz Azul wicemistrzostwo kraju i zdobył puchar Meksyku – Copa MX.
Wiosną 2014 Pereira za sumę trzech milionów dolarów przeszedł do klubu Chivas de Guadalajara. Tam od razu wywalczył sobie miejsce w składzie i w sezonie Clausura 2015 dotarł do finału krajowego pucharu, jednak bezpośrednio po tym został relegowany do roli rezerwowego wobec przyjścia do drużyny Oswaldo Alanísa. Podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2015 zdobył natomiast z Chivas drugi w swojej karierze puchar Meksyku, po czym wobec kontuzji Alanísa powrócił do pierwszej jedenastki. W 2016 roku wywalczył z ekipą Matíasa Almeydy superpuchar Meksyku – Supercopa MX.