Mszy świętej – koncelebrowanej przez 140 kardynałów oraz patriarchów katolickich Kościołów wschodnich – przewodniczył dziekan Kolegium Kardynalskiego, kardynał Joseph Ratzinger (który 11 dni później został następcą zmarłego papieża). Uczestniczyło w niej na placu św. Piotra ok. 300 tysięcy wiernych, w tym wielu Polaków (uruchomiono specjalne pociągi z Polski do Rzymu, by umożliwić wiernym dojazd na uroczystości) oraz ponad 200 prezydentów i premierów, a także przedstawiciele różnych religii światowych, w tym duchowni islamscy i żydowscy. Wielu zgromadzonych na uroczystości ludzi miało ze sobą transparenty z napisem Santo subito (pol. „święty natychmiast”).
W całym Rzymie przed ekranami rozstawionymi w wielu miejscach miasta zgromadziło się 5 mln ludzi, w tym ok. 1,5 mln Polaków.
Procesji z trumną przewodniczył kardynał kamerling Eduardo Martínez Somalo. W krypcie Jana XXIII w Grotach Watykańskich trumnę złożono w drugiej, cynkowej, którą szczelnie zalutowano, a tę w trzeciej – wykonanej z drewna orzechowego. Do trumny został włożony woreczek z medalami wybitymi w czasie pontyfikatu Jana Pawła II oraz umieszczony w ołowianym pojemniku akt, na którym opisano najważniejsze fakty z okresu jego pontyfikatu. Trumny zostały opatrzone watykańskimi pieczęciami.