W tym samym roku triumfował także z ekipą prowadzoną przez Manuela Lapuente w rozgrywkach krajowego pucharu – Copa México, a także superpucharu – Campeón de Campeones.
Latem 1991 Hernández powrócił do Guadalajary, gdzie podpisał umowę z ekipą Club Atlas. Jego zawodnikiem był przez rok, po czym powrócił do swojej macierzystej drużyny Tecos UAG. Tutaj z kolei zaczął występować na pozycji obrońcy, na której pozostał już do końca piłkarskiej kariery. W sezonie 1993/1994 zdobył z Tecos historyczne, pierwsze w historii klubu mistrzostwo Meksyku. Ogółem barwy zespołu reprezentował przez jedenaście lat i jest uznawany za jednego z najważniejszych piłkarzy w historii klubu, zdobywając dla niego 50 bramek w 319 ligowych spotkaniach. W lipcu 1995 podpisał umowę z Monarcas Morelia, gdzie z kolei występował przez cztery lata, z czego przez trzy sezony w roli podstawowego gracza, jednak nie odniósł z tą drużyną większych sukcesów. Profesjonalną karierę piłkarską zakończył w wieku 38 lat.