W oddziale tym odpowiadał za wyszkolenie bojowe.
Po rozbiciu oddziału w czerwcu 1945 przybył w okolice Grabówki w powiecie brzozowskim, gdzie dołączył do zgrupowania Mieczysława Bielca ps. „Błysk”. Po aresztowaniu Bielca 3 sierpnia 1945 i rozbiciu jego oddziału przeszedł na teren powiatu sanockiego, gdzie utworzył własny oddział partyzantki antykomunistycznej składający się z dezerterów z UB, MO i WP, liczący ok. 20 członków. Początkowo współdziałał z majorem Antonim Żubrydem, jednak nigdy mu się nie podporządkował. Istniał silny antagonizm pomiędzy oboma dowódcami.
28 listopada 1945, za próbę nawiązania przez Kossakowskiego współpracy z UPA celem wspólnej walki przeciwko komunistom, wszyscy żołnierze w oddziale odmówili mu posłuszeństwa i przeszli pod dowództwo mjra Żubryda, tworząc III kompanię samodzielnego batalionu operacyjnego NSZ „Zuch”. Dowódcą kompanii został ppor. Kazimierz Kocyłowski – dotychczasowy z-ca Kossakowskiego.
W styczniu 1946 Stanisław Kossakowski wyjechał do Krakowa, gdzie ukrywał się pod fałszywym nazwiskiem Stanisław Górski. Na krótko powrócił w Brzozowskie, ale w kwietniu ponownie pojawił się w Krakowie.