Granice między lasem a otwartą przestrzenią są uważane za najbardziej produktywne.
Strefy thumb|240px|Nauka o strefach na kursie projektowania permakulturowego w Anglii. Instruktor – Aranya Strefy to sposób organizacji elementów przestrzeni w siedzibie ludzkiej według częstości ich użycia oraz potrzeb roślin i zwierząt. Elementy często przekształcane lub wykorzystywane zlokalizowane są blisko domu, w strefach 1 i 2. Rzadziej używane lub przekształcane elementy oraz takie, które powinny być w odosobnieniu (np. dzikie zwierzęta), znajdują się dalej. Chodzi o odpowiednie rozmieszczenie poszczególnych rzeczy. Strefy ponumerowane są od 0 do 5:
Strefa 0 Dom, centralna część domostwa. Zasady permakultury będą się tu stosować do prób ograniczenia zużycia energii i wody, używania zasobów naturalnych, takich jak energia słoneczna, i ogólnie stworzenia harmonijnego, zrównoważonego środowiska życia i pracy. Strefa 0 jest nieformalną strefą, nie określoną szczegółowo w książce Billa Mollisona. Strefa 1 Strefa najbliższa domowi, miejsce dla tych elementów systemu, które wymagają częstej uwagi, nadzoru, np. uprawa warzyw sałatkowych, ziół, delikatnych owoców, jak truskawki czy maliny, szklarnia i cieplarnia, miejsce rozsad, pojemnik na biohumus z odpadków kuchennych itd.